การจัดตั้งโรงเรียนเป็นความคิดริเริ่มของพระราชนันทาจารย์  (ผล  อกฺกโชติ)อดีตเจ้าอาวาสวัดเวตวันธรรมาวาส(วัดเซิงหวาย)  ซึ่งเวลานั้น มีสมณศักดิ์เป็น         “พระมหาผล อกฺกโชติ”   เนื่องจากบริเวณใกล้เคียง

วัดไม่มีโรงเรียนระดับประถมศึกษา  เด็กๆ ต้องเดินทางด้วยเท้าไปเรียนที่วัดสร้อยทอง ลำบากมาก  เพราะไม่มีรถประจำทาง     เริ่มแรกใช้ศาลาการเปรียญเป็นสถานที่เรียน  เริ่มเปิดทำการสอนในวันที่ 1 มิถุนายน 2483  ชื่อ

ว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบางซื่อ 6” 

ในครั้งแรกมี 2 ระดับชั้นเรียน คือ  ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 และ 2  มีนักเรียนจำนวน 60 คน  พ.ศ.2520  กรมสามัญได้มีคำสั่งให้เปิดชั้นมัธยมศึกษาขึ้น 1  ชั้นเรียนในโรงเรียนวัดเวตวันธรรมาวาส เพราะทางกระทรวงศึกษาธิการมีนโยบายจะแปรโรงเรียนประถมศึกษาเป็นมัธยมศึกษา  พ.ศ.2521  ทางโรงเรียนได้นำเอาหลักสูตรประถมศึกษา พ.ศ.2521  มาทดลองใช้ ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 พ.ศ.2523  เริ่มมี ชั้นเรียนของการศึกษาพิเศษ 1 ห้องเรียน

                โรงเรียนวัดเวตวันธรรมาวาสเคยเป็นโรงเรียน 1 ใน 8 ของกลุ่มโรงเรียนสุโขทัย สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ เคยได้รับเลือกให้เป็นโรงเรียนดีเด่น ปี 2527  อาคารเก่าถูกรื้อไป สร้างอาคารใหม่ขึ้นแทน คงเหลืออาคารเก่าอยู่เพียงหลังเดียว คือ อาคาร 1  รวมมีอาคารเรียนทั้งสิ้น 4 หลัง  ผู้ริเริ่มก่อตั้งโรงเรียนคือ พระราชนันทาจารย์ เจ้าอาวาสวัดเวตวันธรรมาวาส   ซึ่งท่านได้มรณภาพไปแล้วเมื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2547    ปัจจุบันโรงเรียนวัดเวตวันธรรมวาส  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากรุงเทพมหานคร  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน  กระทรวงศึกษาธิการ